โรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่ ตั้งอยู่เลขที่ ๕๐๕ หมู่ที่ ๙ ตำบลนาจักร อำเภอเมืองแพร่ จังหวัดแพร่ เนื้อที่ ๖ ไร่ ๑ งาน ๐๕ ตารางวา บนโฉนดที่ดินเลขที่ ๗๖๘๙๙ เล่ม ๗๖๙ หน้า ๙๙ ตำบลนาจักร อำเภอเมืองแพร่ จังหวัดแพร่ เป็นโรงเรียนเอกชนคาทอลิกในเครือสภาการศึกษาคาทอลิก แห่งประเทศไทย สังกัดสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เปิดทำการสอนตั้งแต่ระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงประถมศึกษาปีที่ ๖ และระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ ถึงมัธยมศึกษาปีที่ ๖ ตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐานพุทธศักราช ๒๕๕๑
          โรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่ ได้รับอนุญาตให้ใช้ชื่อเพื่อจัดตั้งโรงเรียนเอกชนตามหนังสือเลขที่ ศธ ๐๔๑๐๙/๙๘๙๒ ลงวันที่ ๑๕ สิงหาคม ๒๕๕๐ โดยนายมานพ  ดีมี ผู้อำนวยการเขตพื้นที่การศึกษาแพร่ เขต ๑ ปฏิบัติราชการแทนผู้ว่าราชการจังหวัดแพร่ เป็นผู้ลงนามให้ใช้ชื่อ “โรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่” เป็นชื่อจัดตั้งโรงเรียนเอกชนมาตรา ๑๕ (๑) ประเภทสามัญศึกษา
          วันที่ ๓๑ มีนาคม ๒๕๕๑ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแพร่ เขต ๑ ได้จัดตั้งคณะกรรมการดำเนินการตรวจและขอจัดตั้งโรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่ ตามระเบียบกระทรวงศึกษาธิการว่าด้วยการกำหนดมาตรฐานโรงเรียนเอกชนในระบบประเภทสามัญ พ.ศ.๒๕๔๙
          วันที่ ๒๕ เมษายน ๒๕๕๑ สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาแพร่ เขต ๑ โดยนายทองปอนด์  สาดอ่อน ผู้อำนวยการเขตพื้นที่การศึกษาแพร่ เขต ๑ ได้ลงนามหนังสือ ศธ ๐๔๑๐๙/๑๕๑๓ อนุญาตจัดตั้งโรงเรียนเอกชนในระบบ ประเภทสามัญศึกษา โดยอนุญาตให้ นายทวีศักดิ์  ล้อบุณยารักษ์ เป็นผู้รับใบอนุญาตจัดตั้งโรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่ นายสุรยุทธ  ช่างเรือ เป็นผู้จัดการ นายสถาพร  มังกร เป็นครูใหญ่ และให้โรงเรียนเปิดสอนได้ตั้งแต่ภาคเรียนที่ ๑ ปีการศึกษา ๒๕๕๑ เป็นต้นไป
          ปีการศึกษา ๒๕๕๑ ทำการเปิดสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ ๑ มีนักเรียน ๑๘ คน เป็นชาย ๘ คน เป็นหญิง ๑๐ คน และนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ มีนักเรียนจำนวน ๓๖ คน เป็นชาย ๑๘ คน เป็นหญิง ๑๘ คน รวมมีนักเรียนทั้งสิ้น ๕๔ คน ครูทั้งหมด ๙ คน เป็นครูชาย ๔ คน ครูหญิง ๕ คน
          ปี ๒๕๕๖ ได้รับอนุญาตจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาแพร่ เขต ๑ อนุญาตให้ขยายชั้นเรียน ระดับประถมศึกษา ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ตั้งแต่ภาคเรียนที่ ๑ ปีการศึกษา ๒๕๕๖ เป็นต้นไป ตามเลขที่ใบอนุญาต ๑/๒๕๕๖ ลงวันที่ ๑๐ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๖ โดยมีนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ จำนวน ๔ คน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ มีนักเรียนจำนวน ๙๓ คน ชั้นมัธยมศึกษาปี่ที่ ๒ จำนวน ๕๑ คน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓ จำนวน ๒๑ คน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔ จำนวน ๗๑ คน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๕ จำนวน ๓๘ คน ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๖ จำนวน ๒๑ คน รวมมีนักเรียนทั้งสิ้น ๒๙๗ คน
          นอกจากนี้ ยังได้รับอนุญาตให้ย้ายสถานที่ตั้งโรงเรียนไปอยู่ที่ ๕๐๕ หมู่ที่ ๙ ตำบลนาจักร อำเภอเมืองแพร่ จังหวัดแพร่ บริเวณโรงเรียนมีเนื้อที่จำนวน ๖ ไร่ ๑ งาน ๐๕ ตารางวา ตั้งอยู่บนโฉนดที่ดิน เลขที่ ๗๖๘๙๙ เล่ม ๗๖๙ หน้า ๙๙ ตำบลนาจักร อำเภอเมืองแพร่ จังหวัดแพร่ ตามเลขที่ใบอนุญาต ๒/๒๕๕๖ และได้รับอนุญาตให้ใช้อาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ๓ ชั้น ใต้ถุนโล่ง จำนวน ๑ หลัง และเพิ่มความจุนักเรียนทั้งโรงเรียน จำนวน ๘๑๖ คน
 
โดยใช้เป็นห้องเรียนระดับประถมศึกษา ๖ ห้องๆ ละ ๕๑ คน รวมความจุนักเรียน ๓๐๖ คน และใช้เป็นห้องเรียนระดับมัธยมศึกษา ๑๐ ห้องๆ ละ ๕๑ คน รวมความจุนักเรียน ๕๑๐ คน ตามใบอนุญาตเลขที่ ๓/๒๕๕๖ ตั้งแต่วันที่ ๑๖ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๕๖ เป็นต้นไป
          ปัจจุบัน  โรงเรียนเซนต์ฟรังซิสเซเวียร์แพร่  ดำเนินกิจการของโรงเรียนตามพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน พ.ศ.๒๕๕๐  และที่แก้ไขเพิ่มเติม  (ฉบับที่ ๒)  พ.ศ.๒๕๕๔ สังกัดสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน กระทรวงศึกษาธิการ บริหารงานโดย  นายทวีศักดิ์  ล้อบุณยารักษ์ เป็นผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการ นายสถาพร  มังกร เป็นผู้อำนวยการ